Seinäjoen lyseo aloitti toimintansa marraskuussa 1944, kun yliopistoon johtava valtion oppikoulu Sortavalan lyseo siirrettiin valtioneuvoston päätöksellä Sortavalasta Seinäjoelle. Peruskoulu-uudistuksen siirtymävaiheessa lyseo muuttui vuonna 1971 Marttilan yhteislyseoksi, ja sen toiminta yliopistoon johtavana opinahjona päättyi vuonna 1975. Rakennuksessa aloitti tuolloin Marttilan yläaste.